1916年6月6日，袁世凯在北京死去。两天之后，直到袁世凯的五弟、六弟从彰德、项城赶来，尸体才开始入殓，当时，因天气较热，而且袁世凯死前昏迷的时间并不长，一直保持着饮食，所以，死后的第二天肚子就膨胀起来，向外散发着臭味，嘴角也流出了暗色的血。
等到入殓之时，臭味更大，膨胀的身体也更加胖肿了。死前做好所谓的“十二辰”的阴沉木棺材放不进去，只好临时加工定做了一个普通阴沉木棺材。大殓时，袁世凯头戴平天冠，身着祭天大礼服，俨然成了大行皇帝。
当时，北京政府发布了一道命令，追怀袁世凯所谓的“首绩”及表达“同悲”之情。内容说：辛亥革命时，“前大总统赞成共和，奠定大局，苦心尸擘画，昕夕勤劳”。所以，“由国务院转饬办理人员，参酌中外典章，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意”。
因此，国务院确定了治丧负责人，又通令全国下半旗27天致哀，文武百官停止宴会27天，民间喜庆哀乐停止27天，一切按清代皇帝规制办理丧事。
袁世凯的棺材先停在怀仁堂正厅，家人轮流守灵。堂内外挂满了祭幛、挽联、花圈等，门前有鲜花扎成的牌坊一座，新华门外有彩纸牌坊三座。同时，还有五棚道士、和尚在堂外念经祈祷，超度亡灵。
6月28日，在中南海怀仁堂停了27天的袁世凯棺材正式出殡，移往河南彰德（今安阳市）洹上村。灵柩出新华门时，时任大总统的黎元洪率国务院以下各官在此恭送。灵柩由海陆军仪仗队约2000人开道，80名“皇杠”抬着。沿途布满军警，道路铺黄土，灵柩后面的送葬官兵五千多人。
当袁世凯的灵车从前门车站出发时，还鸣礼炮一百零一响，这一天，京汉铁路停止运营，专为袁世凯灵车放行。当时，开出北京的列车，除袁世凯的灵车外，还有两列车，一列上运载卫兵、消防队以及殡礼仪品和服务人员，另一列上载袁世凯旧部和政府的高级官员。这两列车在灵车后面开行，但早半天到达彰德迎灵。
到达彰德后，袁世凯的灵柩抬到洹上村袁宅的中间大厅暂放致祭。直到8月22日，才举行了下葬前的“点主”典礼，这是一种封建迷信的风俗，据说经过“点主”，可以使死者早日超生。点主，就是在墓主人的“主”上少写一点，写成“王”字，然后由身份高的人，最理想的是点过翰林、主考或学政的人来点这一点。袁家的点主官便是袁世凯生前好友徐世昌。
在“点主”的过程中，袁家长子袁克定跪在下面，在音乐声中叩头不已，完毕后袁克定再行三跪九叩大礼，点主仪式结束后，袁世凯的灵柩才正式出殡、下葬。
灵柩先是用80人抬大杠抬出大门，送至坟地。然后改用24软抬入墓内石室大殿，依照择定的时辰，到晚上才安放在正中石座之上。这时袁克定率亲属和亲友向袁世凯灵柩行礼，然后退出石殿，闭上石门，袁世凯才与世间隔绝开来，这时，坟地上焚烧着大批的冥器，向袁世凯作最后的告别。
袁世凯的坟地占地139亩，又有祭田1000亩，共花费了73万多元才最后完工。袁林落成后，代总统冯国璋还派总统府秘书张一麟前来致祭。不过这个看似雄伟的“袁公林”不仅没有使人产生敬仰之情，相反一看到它，后人们总是骂不绝口。